Art. 37, V:

• as funções de confiança -- exercidas exclusivamente por servidores ocupantes de cargo efetivo; e
• os cargos em comissão -- a serem preenchidos por servidores de carreira nos casos, condições e percentuais mínimos previstos em lei.

Destinam-se apenas a: as atribuições de direção, chefia e assessoramento.

Os cargos serão preenchidos; as funções serão exercidas. Os verbos ajudam a revelar a distinção entre os conceitos:

• cargos [em comissão]: unidades completas de atribuições previstas na estrutura organizacional, e independentes dos cargos de provimento efetivo. [...] Independentemente da forma de provimento amplo ou restrito é um conjunto de atribuições de direção, chefia e assessoramento, sem qualquer correlação com a estrutura de cargos efetivos, de carreira. O elemento central do cargo em comissão é a questão confiança política;
• funções [de confiança]: acréscimos de responsabilidades de natureza gerencial ou de supervisão, atribuídas a servidor ocupante de cargo efetivo, tendo como referência a correlação de atribuições. [...] Ou seja, uma adição de atribuições relacionadas com as atividades de direção, chefia e assessoramento às atribuições do cargo efetivo. [...] O conceito de função [...] é inconcebível sem a correlação entre as atribuições técnicas e gerenciais vinculadas às competências de uma unidade organizacional: [...] não havendo essa estreita correlação entre as competências da unidade organizacional, as atribuições do cargo efetivo, e as atribuições de direção, chefia e assessoramento, estaremos diante de um conjunto de atribuições distintas que constituem, de fato, outro cargo.

[...] Não há grande novidade no inciso V do art. 37 da Constituição comparativamente às categorias e conceitos vigentes antes de 1988: a legislação dos cargos de 1970 [(Plano de Classificação de Cargos - PCC)] já continha, essencialmente, as categorias de cargos em comissão e funções de confiança, apenas com outras denominações específicas (cargo de confiança e função gratificada) para segmentos de atribuições com níveis de responsabilidade distintos dentro das organizações públicas -- os Grupos DAS e DAI.

Onde termina um e começa o outro?

Um dos grandes problemas para regulamentar o inciso V do art. 37 da Constituição é justamente a definição dos níveis de direção e assessoramento estruturados com base nos cargos em comissão e os níveis de direção, chefia e assessoramento que devem ser estruturados com base em funções de confiança.